اغلب اوقات عفونت‌های کاندیدا مننژها را مبتلا می‌سازد، هر چند که آبسه‌های داخل جمجمه‌ای می‌تواند به صورت ایزوله و یا مرتبط با مننژیت نیز رخ بدهد. آبسه‌ها معمولاً به صورت میکرو آبسه‌های کوچک متعدد هستند و در افراد با سیستم ایمنی مختل که به عفونت منتشره مبتلا شده‌اند دیده می‌شوند. مننژیت کاندیدایی به صورت تظاهری از کاندیدیازیس منتشره اغلب در نوزادان نارس در حضور دستگاه‌های درناژ ونتریکولار و نیز به صورت یک مننژیت مزمن ایزوله دیده می‌شود. علاوه بر انتشار از طریق جریان خون کاندیدا می‌تواند در زمان انجام کرانیوتومی و یا از طریق یک شانت ونتریکولار وارد CNS شود. مننژیت کاندیدایی اغلب اوقات در نوزادان نارس به دنبال روش‌های جراحی اعصاب پدید می‌آیند، علاوه بر این بیمارانی که به عفونت‌های سیستم اعصاب مرکزی دچار می‌شوند اغلب اختلال سیستم ایمنی دارند. بیمارانی که در مولکول آداپتور گیرنده لکتین CARD9 نقص یا کمبود دارند به ویژه نوزادان و اطفال ریسک ابتلا به کاندیدیازیس سیستم اعصاب مرکزی در آن‌ها بیشتر است. به جز کاندیدا آلبیکنس گونه‌های دیگر نظیر پاراپسیلوزیس، تروپیکالیس و گلابراتا به عنوان عوامل نادر عفونت‌های CNS شناخته شده‌اند. کریپتوکوکوس نئوفرمنس فراوان‌ترین عامل مننژیت قارچی است. بیماری هودجکین، لنفوم، سارکوئیدوز و لنفوپنی CD4 ایدیوپاتیک از جمله شرایطی هستند که استعداد به کریپتوکوکوزیس را ایجاد می‌نمایند. کورتیکواستروئیدها و درمان برای پیوند بافت‌های جامد نیز فرد را مستعد به این عفونت می‌کند.